1985年，为迎接我国特有物种麋鹿回归，由全国政协副主席吕正操、钱昌照、包尔汗等领导发起、成立了“中国麋鹿基金会”（中国绿发会前身）。经过不懈努力，麋鹿得以回归自然。国际公认中国麋鹿重引进项目是世界物种重引进最成功范例。

1985年，英国塔维斯托克侯爵资助麋鹿回乡

1992年，在时任理事长吕正操大力推动下，中国麋鹿基金会于1997年更名为“中国生物多样性保护基金会”。

2009年，中央统战部原副部长、全国工商联原党组书记、十一届全国政协常委胡德平与北京市原副市长胡昭广共同提议，并前瞻性指出绿色发展的要义后，经国务院批准，中国绿发会更名为现名，并在胡德平、谢伯阳、苟天林、吕克勤等理事会领导的带领下，在杨明森、刘昕晨等顾问的支持和帮助下，积极、全面落实中央关于生态文明建设的指示，动员社会各界力量关注、参与相关工作。

2016年5月，中央有关部门批复中央环保督察组组长、环保部原副部长周建同志担任中国绿发会副理事长。履新之初，周建副理事长即听取了中国绿发会关于南海基地建设和中华保护地工作情况汇报，并给予肯定。

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