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“全球生物多样性信息网络(GBIF)报告会”在京举办,中国绿发会代表应邀出席
2018/6/4 23:00:00 本站中国绿发会

本文共约7000字,阅读时间约10分钟

2018年6月4日是一个阳光明媚的日子,在京郊香山脚下的中科院植物所的报告厅里,举办了“全球生物多样性信息网络(GBIF)报告会”。来自世界多个国家的几十名代表出席并分享各国经验和项目。中国绿发会应邀派代表出席了此次报告会。

我们知道,在生物多样性科学中,生物多样性信息系统是一个非常重要的组成部分和技术支撑。根据生物多样性不同层次、利用价值及保护措施,建立各类数据库是推动生物多样性保护、教育及研究的重要基础工作。联合国《生物多样性公约》(CBD)中要求各缔约国要加强分类学能力建设,推动全球分类学倡议,制订全球生物多样性信息交换机制。在科研工作中,数据和工具是基础环节,需要更多科研和政策需求来驱动。随着大数据时代来临,传统的生物多样性研究开始逐渐向数据密集型的科研方式过渡。

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在这样的背景下,2001年,全球生物多样性信息网络(Global Biodiversity Information Facility,简称GBIF)成立,并逐渐成为了全球最有影响、最大的生物多样性信息数据库和服务机构。目前,有55个国家、36个机构作为成员加入了GBIF。来自全球的1178个数据发布者提供了超过9.80亿条标本和观测数据在全球免费共享。中国科学院(CAS)于2013年9月正式加入GBIF组织,并成立了GBIF中科院节点(GBIF-CAS)。

作为一家长期致力于生物多样性保护的机构,中国生物多样性保护与绿色发展基金会(CBCGDF)应邀派代表出席。知识的价值在于传播。因此,本着科学、开放、共享的精神,绿会代表将学习笔记与感想分享如下。

首先,中科院植物所研究员、世界自然保护联盟亚洲区会员委员会主席、国际生物多样性计划(DIVERSITAS)中国委员会秘书长马克平致欢迎辞。他介绍了GBIF的情况、历史、影响力。绿会代表印象比较深刻的是他在讲话中提到,GBIF-CAS成立以来始终致力于将GBIF的工作推广。如果你想要开展distribution pattern 分析,在更大范围内,你就需要使用这个GBIF数据。他表示,很荣幸能与GBIF一起合作,建立这个节点。交互学习、相互支持,推动生物多样性的保护与研究。他隆重欢迎Tim Hirsch的主旨演讲。

Tim Hirsch:全球生物多样性信息网络(GBIF)介绍

接下来,GBIF副总干事Tim Hirsch致辞,他对GBIF的工作进行了长达40分钟的主旨介绍(实际讲话超过1小时)。他首先感谢马克平先生的贡献,并表示很高兴来此与大家分享。GBIF总部位于丹麦。接下来还有四天的会议——从明天开始,到周五的一个研讨会。今天是介绍环节,让大家能够知道GBIF的背景。首先,他介绍什么是GBIF。在开始介绍之前,他提了一个问题:你能用一句话描述GBIF吗?台下有3个人回答,包括绿会代表也斗胆举手一言以蔽之地猜测:GBIF是一个公共图书馆,谁都可以去看书,而且不用买门票。Tim感谢了大家的发言,并总结道:

GBIF是一个国际网络和研究基础设施,由世界多国政府资助,旨在为任何地方的任何人提供关于地球上所有类型生命的可开放获取的数据。(GBIF is an international network and research infrastructure funded by the world's governments, aimed at providing anyone, anywhere, open access to data about all types of life on Earth. )

—— Tim Hirsch (GBIF副总干事) , 2018.6.4@北京

接着他介绍了GBIF的谅解备忘录:它是非约束性的协议,签署的主体既可以是国家政府,也可以是机构;它建立在开放数据共享上;阐明了治理约定;参与者设立“节点”(nodes)并支持秘书处。

他展示了GBIF全球网络的地图。在介绍中他提到,从全球网络来看,亚洲地区还较为空白。然后继续放大亚洲的区域图,其中有中科院、中国台北。总体来说,亚洲地区GBIF的网络比较patchy,他希望今后能够拓展。

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GBIF副总干事蒂姆·赫什(Tim Hirsch)介绍GBIF亚洲网络分布。摄/Linda

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GBIF副总干事蒂姆·赫什(Tim Hirsch)以“六个忠实的仆人”比喻GBIF的数据收集原则。摄/绿会Linda

接着Tim Hirsch从自己儿时曾读过的英国吉卜林的童书经典《原来如此:讲给孩子们的故事》(Just So Stories),在这个故事中讲述了诸多动物的来历和世界之初的样子,大象,鳄鱼……每个都介绍了不同的动物发展出了不同的范畴。尽管从进化上来说是正确的(evolutionarily accurate), 但是呢,很不方便。他谈到自己从故事中学到的东西:有六个忠实的“仆人”,他们的名字分别是:是什么(What),什么时间(When),在哪儿(Where);以及为什么(Why),怎样(How)和谁(Who)。大千世界,万变不离其宗,而这“六个忠实的仆人”就是最基本的六大元素。他以此来比喻GBIF数据收集。什么样的资源进入GBIF呢?他举例了一个自然博物馆馆藏的例子。检测、调查、包括远程遥控的;公民观测数据;以及从文献典籍中出来的数据,等等。他以英国为例,来介绍如何通过GBIF.org的网站来发布数据。

接着,他介绍了GBIF中科院节点。他从GBIF的主页开始讲起(令绿会代表惊讶的是其主页显眼位置有"About GBIF China"的二级目录),介绍了中国生物多样性数据。中国有100万多植物的occurrences, 并给出了数据的时间轴(从1950-2010),还以月为单位进行了展示。

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来源/NSII

来源:GBIF官网首页

那么,谁在使用GBIF?他展示了几组数据。绿会代表印象较深刻的部分:从GBIF的2018年迄今的官网浏览量的结果来看,中国排名第10名,一共是14,744个浏览sessions,仅仅占了2.2%。(浏览量第一名是美国,浏览量是84,374个sessions)。其次给出了网站数据点击量的数据,其中印度,排名第二,占了6.24%。2018年国别单位从上面下载的数据来看,中国排名第五,2684次下载(排名第一的是墨西哥,6652次下载;美国第二,6362次下载)。从Peer-reviewed uses by country and region的角度, 2018年的数据,中国名列前十(6名);亚洲在六大洲中排名第四。

接着,他从六个角度,介绍了GBIF 2017年的Science Review:外来入侵物种、气候变化、物种保育与保护地,生物多样性与人类健康、食物/农业与生物燃料、促进生物多样性科学。GBIF是一个很好的平台,提供了科学所需的一些基本原始数据。

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Tim Hirsch以Alice Hughes博士的一篇文章为例,来谈怎样最好地使用生物多样性数据。摄/Linda

这场主旨分享中,印象最为深刻的部分是关于Featured data use的介绍:他用了中国绿发会顾问Alice Hughes博士的一篇文章《为东南亚生物多样性保护绘制优先地图》(Mapping Priorities for Conservation in Southeast Asia)为典型例子,来谈如何最好地使用数据。这篇文章是Alice Hughes于2017年5月份发表在Biological Conservation上的(第395-405页)的,文中,她运用可获得的最佳信息,绘制出了2471种脊椎动物(鸟类、哺乳动物、爬行动物和两栖动物)和1198种植物的分布图,探索生物多样性的模式和保护的充分性。每个分类单元都显示了不同的多样性模式。

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绿会秘书长与Alice Hughes博士

他还介绍了研究中的引用情况。特别是中国在这方面的情况。这里面特别提到一个“DOI”指标,意味着什么呢?意味着我们能够马上trace那个数据set贡献了那个download;我们能够识别究竟是哪个机构贡献的数据。点击DOI可以了解到。

此外,他还展示了GBIF作为虚拟博物馆的功能。并不直接拥有这些图,而是当你点击的时候,转接到图谱所在的原始数据储存点。他举例:有一种越南的蚂蚁,有很高清的照片,让你能够看到他的标本。标签上还能够看到这种蚂蚁生存的经纬度、海拔。最后介绍了GBIF全球投资的情况。

在提问环节,一共有五个提问。第一个来自马克平老师,他问的是关于如何在亚洲promote GBIF;Tim回答的核心思想是,在亚洲应该有更多的数据被分享,但尚未被分享;那么如何分享呢?可以通过GBIF啦。第二个问题我没记住。第三个问题是一位女生提的,跟数据地理信息的准确性有关。Tim的回答是:最佳途径是尽可能透明,并且有routines来解释data,并且提前可能警告用户数据使用的时候要保持谨慎。当提交数据的时候,数据可能存在不准确性;但是GBIF不是给儿童用的,但是还是有data cleaning process... 我们尽力推动,但是开放式数据本身存在这样的情况,使用时需保持谨慎。第四个问题来自尼泊尔的代表,问的是GBIF怎样注册——机构vs个人的注册问题。Tim答曰:个人不能直接注册并且发布数据。不过你可以找到一个机构,associate,去注册;也可以publish在一些academic data paper上(那些journals有GBIF的access)。第五个问题来自一位日本代表,他问了一个关于日本国与GBIF的问题。Tim的回答核心内容是,日本情况比较特殊;他举了欧盟的例子来说明。

马克平:中国生物多样性信息学以及“MAP”介绍 

第二场精彩演讲,来自马克平研究员,主题是“Biodiversity Informatics in China and Mapping Asia Plants (MAP)" ,其中介绍了GBIF中科院节点的情况。

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马克平在全球生物多样性信息网络(GBIF)报告会上的主旨演讲。摄/绿会

据悉,GBIF中科院节点发布来自中国的生物多样性数据,促进GBIF数据在中国的利用,加强中国各机构和部门生物多样性数据的整合。其目标包括:1、规范中国生物多样性数据库,加快数据共享的国际化进程;2、发挥我国在生物多样性信息学方面的优势,通过合作进一步扩大我们的影响力;3、通过合作与培训,推动中国数据科学技术进步;4、借鉴国际经验,建立和完善我国生物多样性数据共享政策环境,促进共享文化的发展。

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马克平介绍GBIF中科院节点的情况。摄/绿会Linda

马克平介绍生物多样性信息学在中国从2003-2017年的发展变化的情况:NSII(2003),BHL-CN(2005),CFH(2006), 2008年PPBC CoL-CN,2013年GBIF-CAS,亚洲植物数字化计划(MAP)等等。在这场主旨演讲中,着重介绍了2018年5月22日发布的《中国生物物种名录2018版》(展示了中科院副院长张亚平在国际生物多样性日上发布会上的场景),2008-2018数据量变化图、中国植物志(图片显示真是“汗牛充栋”啊!);下一步路线图、组织结构、团队,以及working flowchart、MAP MAJOR PROGRESS等等。

这场主旨演讲中还从species、families、genera等三个方面进行了国家排名,并介绍了东南亚的地区数据,包括从文献中获得了44,289个物种数据、从标本中获得了65,362个物种数据,从CBD国家报告中的国别数据(不全),等等。在讲话中他提到,东南亚是最难的部分,但是我们仍然在努力。未来我们将拓展整个网络。

视频:马克平介绍中国的化石蕨类以及在中国的生物多样性信息学方面未来应该采取什么样的措施。摄/中国绿发会代表

马克平还介绍了从databasing得到的4个关键信息:一是国家层面的物种检核单;二是synonymized clean checklists by The Plant List;三是从植物学文献、标本、活体中得到的Checklist;四是分布水平。

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上图:GBIF副总干事蒂姆·赫什(Tim Hirsch)与中科院植物所马克平。摄/Linda

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Tim向马克平赠送礼物。摄/绿会

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排排队,要拍照啦!——参会代表们的合影环节,抓拍/Linda

许哲平:GBIF中科院节点介绍

中国科学院文献情报中心许哲平博士做主题演讲,他介绍了全球生物多样性信息网络中国科学院节点包括其网络结构,生物多样性信息学方面的相关活动、合作以及近些年来所发表的文章。

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绿会代表记得不全,其中印象深刻的部分:他介绍了节点举办的活动和合作,以及生物多样性信息学研究及应用等研究成果;transferred data paper,GBIF INTERGRATED PUBLISHING TOOLKIT. 还介绍了有关GBIF该节点的各种presentations,学术交流活动报告,以及与GBIF API的融合,中国植物主题数据库。他举例species diversity and distribution (以鼠尾草为例来说明数据来源和处理方法)。还举了例子,如何评估入侵风险。在材料和方法部分,用了地中海实蝇的例子。还谈到了list of pest insects on Triadica sebifera。

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赵晓倩:国家标本资源共享平台(NSII)介绍

国家标本资源共享平台(NSII)的数据可视化展示专员赵晓倩做主题演讲,她向与会代表介绍了国家标本资源共享平台及其发展历史、各标本的相关数据、特殊资源、NSII所使用的平台工具以及对未来的展望。

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绿会代表印象比较深刻的是,在第二部分的数据介绍中,主讲人从中国各个省份的情况介绍了标本的数据以及原因。图上可以看到中国的西南部最高亮,这是因为,毫无疑问那里是生物多样性最为丰富的(全球热点嘛),所以标本也最丰富;介绍了每年的数据,可以看出标准数据在逐年增长;介绍了标本的图片以及活体植物图片;然后介绍了文献的情况。文献一共有102302,可以通过关键词检索(中英文都能够检索)。然后介绍checklist:从动物植物菌类、古代植物;介绍了特殊资源——物种页面。此外,从物种资源来看,动物可以720度展示,方便教学。她的讲话中,还介绍了有拍摄的野生动物的红外图片,以及非常独特的矿物和水晶的图片。还有南极北极的panorama,极地标本数据已经有7000多个。

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在工具部分:怎样辨别植物?她介绍了形色app,看可以辨别花儿的花瓣形状;涵盖10000物种;准确率92%以上。以及iHerbarium,野鸟辨别的IdentifyingBirds,等等。笔者留意到,这一部分介绍中,很多外国参会者感到非常惊奇,纷纷拍照。

闻丞:中国观鸟记录中心介绍

中国观鸟记录中心的闻丞从观鸟记录中心的发展概况、数据概况、数据分析及应用情况和展望四个方面进行阐述。总体来说,中国观鸟起步晚。他用详实的图表,展示了过去15年的数据情况。

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绿会代表印象深刻的部分:介绍了分布时,他谈一种物种的分布,以喜鹊为例,来显示鸟种分布图。展示了Thermodynamic图片。然后介绍了如何分布建模,陆生鸟类,展示了模型输出与修订后分布的对比图。接着介绍了中国最常见的10中鸟类,来介绍中国鸟类的丰富性。包括布谷鸟,远东山雀、麻雀……如果问起:中国最多的鸟儿是啥?人们通常说,麻雀。但是,闻丞说,no,no!常识vs统计数据的不一样。他还介绍了中国“鸟种通缉令”,不过这里的“通缉”意思是它们濒危或者数据不足。

这场分享结束时,Tim的点评很有意思。他说,我观察到,在一些国家,观鸟是相对比较新兴的活动,年轻人去观鸟,很有热情;但是如果去欧洲北美,观鸟是老年人的游戏。你介绍的中国的情况,让我很受鼓舞。他还问:你们这个数据能否GBIF分享?

闻丞答曰:我们观鸟者很高兴分享数据,但是所有数据,都是志愿者来管理的,所以机构支持很重要,在中国很少有这样的机构支持。所以需要机构支持,使得这些数据变成合适的格式。

Maheva Bagard Laursen:介绍BIFA

来自“亚洲生物多样性信息基金”(BIFA)的项目协调员Maheva Bagard Laursen介绍了BIFA。她提到,其主要目标是为科学和政策提供更多的生物多样性数据,扩大GBIF网络在亚洲地区的使用,她还介绍了其2015年至2017年的主要项目设置等等。

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BIFA是从2015年开始实施的,获得了日本环境省的支持,旨在支持亚洲的生物多样性数据使用。项目目标:增加更多的生物多样性数据,用于科研和政策;建立网络来支持长期的动员,等等。她详细介绍了从2015年-2017年各年的情况。以及两种grants支持:能力建设、只给节点;另一种是给所有亚洲生物多样性有关机构的。聚焦于GBIF亚洲节点发现的关键挑战,用于支持这一地区的生物多样性数据的动员和使用。

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GBIF副总干事Tim Hirsch为上午的主旨演讲的嘉宾们赠送礼物。图/Linda

BIFA资助项目介绍

下午的环节中,由BIFA资助的各国项目代表进行项目介绍。

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首先,来自韩国首尔国立大学的Chin Sung Chang代表简要介绍了在全球生物多样性信息网络(GBIF)中亚洲地区植物学数据的现状、问题和对策。韩国代表围绕GBIF在亚洲的数据现状、流动性、障碍及使用等进行发言。在韩国研究中遇到的最大问题之一就是数据的缺乏。自2014年有两个植物群网站。项目计划包括:朝鲜的数字化历史采集、科学命名、地理化科学数据。重点阐释了在朝鲜半岛数据提供地理参考层面存在的难点。非常有意思的是,他的PPT的最后一张页面是朝鲜和韩国两国领导人的会晤图。

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来自苏门答腊的Andalas University的代表Ahmad Taufiq介绍了苏门答腊岛中植物的数字化和数据储存。他的介绍中我们了解到,尽管印度尼西亚是东南亚生物多样性最为丰富的国家,但是仍然存在着一些问题。

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来自印度尼西亚Tribhuvan University的学生代表Primadieta Sudarma分享了其BiodiverSkripsi信息系统。

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花絮:Primadieta Sudarma在回答听众的问题;一旁马克平教授正在奋笔疾书,为他主编的《中国常见植物野外识别手册·北京册》签名赠送给今天的与会各国代表。抓拍/Linda

菲律宾代表Arman Norcio-Pili(HerpWatch Pilipinas, Inc, Manila, the Phillippines)介绍了外来两栖和爬行动物对菲律宾生态安全的影响,谈制定国家层面的外来入侵两栖爬行动物物种名录和occurrence 数据库以及观cha和监测系统的必要性。

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来自尼泊尔的Bharat Babu Shrestha代表谈尼泊尔的外来入侵植物物种,并介绍了其相关项目、数据来源、项目时间安排和可持续性。其中,他提到其相关项目可以弥补生物多样性保护方面的地理差距并制定相关政策。

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上图:介绍了尼泊尔的外来入侵植物物种的基本情况,以及给当地生态系统带来的压力。摄/Linda

越南代表Thien Tam LUONG, (来自胡志明市University of Sciences芬兰Turku大学)介绍Data Mobilization of the cryptogam collection of the herbrium PHH。

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来自WCS的Oliver Griffin介绍了如何在柬埔寨动员国家层面的、长期的相机拍摄数据。他介绍了2001-2015年期间从柬埔寨的各种野外调查中获得的相机trap数据,以及项目时间表和项目可持续性。他介绍说,可持续性是项目的核心价值。未来数据将被整合,将备份,并且会被用于所有田野职员,用来培训新员工等。

提问环节。摄/绿会

最后一场是来自巴基斯坦的Quaid-I-Azam University Islamabad的Lubna介绍Georeferencing and Mobilization of Planet Species occurrence data from Pakistan。

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马克平教授向与会代表们赠送书籍。摄/linda

结束时,马克平教授签名赠书《中国常见植物野外识别手册·北京册》。绿会代表也得到了一本赠书。这本书之前试图在网上买,断货。今天终于得以一见芳容。

看这边哦~~ 笑一个~~ 摄/绿会

《中国常见植物野外识别手册·北京册》——很有意思的植物手边工具书。你留意到它的分章节的方式了吗?按照颜色分类!真是非常有创意啊。之前没有见过这样分类的棒棒哒的工具书。摄/Linda

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【参会学习&思考】

绿会代表的学习心得,与同事们的分享:

? 开放共享的数据vs越来越严格的知识产权保护的问题;未来趋势是什么? 

? 观察项目申请的写法——今天下午所有代表介绍项目的套路都是:项目目标,数据来源,项目时间表,可持续性等等。

? 总体来说,感觉来自中国的参与在GBIF全球地图中较少;CAS节点无疑做了很好的工作;

? 观察:GBIF代表的政治正确性问题:介绍“中国台湾”。对于国际组织/政府间组织和机构来说,把握这个原则很重要;过去不乏有的机构在这方面未予以足够重视、甚至犯错误,迟迟未能得到中国政府的欢迎。

? Presentation很重要。我们其实做了很多工作,但是未能善于很好的展示。比如做了很多场的鸟赛、鸟展。做完之后应该想办法把成果固定下来,比如,能够变成小册子、PPT等等,进入工作database未来以便随时能够调用;这方面我们应该大大地改进。任何一个活动,都应该有一个总结和回顾(PPT的方式)。

……

【作者注】

1.本文为绿会代表参会速记笔记,内容未经讲话者本人核实,仅供参考。

2.如有错漏请见谅。

3.文中涉及观点部分,仅仅代表个人观点。

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植物所,真不愧是植物所!好清凉的建筑呀。摄/绿会

文/Linda  核/花花  编/Angel