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第五届全国生物多样性信息学研讨会在京举办,中国绿发会代表参加学习
2017/12/6 22:26:00 本站中国绿发会

12月6日,第五届全国生物多样性信息学研讨会在香山脚下的中国科学院植物研究所举办,中国绿发会派代表参加学习。这个研讨会是由中科院科技促进发展局、国际生物多样性计划中国委员会、中科院生物多样性委员会等单位主办的。

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清早,一轮明月尚在西山上,中国绿发会代表早早赶到坐落在香山脚下的中科院植物所,参加第五届全国生物多样性信息学研讨会。

生物多样性信息学(biodiversity informatics)作为一门蓬勃发展的新学科,将现代的信息技术带入生物多样性及其相关学科的研究领域。它在生物多样性基础数据的数字化、模型工具和各种工具软件的开发、数据整合,以及全球、地区和国家尺度生物多样性信息网络等多个方面都有一定的发展,这些发展向我们展示了未来在全球范围内自由、免费共享生物多样性数据和信息,以及人们行动起来共同关注、调查与监测野外生物多样性的前景。生物多样性信息学将为我们实现全球保护战略目标,应对生物多样性危机,解决全球气候变化条件下生物多样性资源管理和利用建立坚实的信息基础。

在本次研讨会上,多位来自各个领域的专家学者从不同的角度向与会嘉宾讲说了我国在这些领域的研究发现。

首先,来自中科院植物所的马克平研究员主持了开幕式。他介绍了这个会议的缘起,以及意想不到的受欢迎程度。今年这届会议的背景较为特殊。从2013年开始,科技部科技基础平台下应用数据库,大部分来源于两个项目。现在科学院又在做一个新的项目——地球大数据科学工程专项。接着马克平研究员又介绍了从2003年来的相关工作进展,包括2003年NSII, 2005年BHL-CN(生物多样性图书馆中国节点), 2006年开始的CFH(中国自然标本馆),2008年中国植物图像库,2013年开始加入GBIF-CAS等等,并且谈了下一步的工作计划。最后他分享了昨天在微信上看到的一个儿童诗集。他说“看到几首诗非常有创意:一个六岁儿童写的,‘灯把夜晚/烫出一个洞’;还有,‘晚上 我打着手电筒散步/累了/就拿它当拐杖/我拄着一束光’;另外一首是七岁儿童写的《眼睛》: ‘我的眼睛很大很大/装得下高山/装得下大海/装得下蓝天/装得下整个世界;我的眼睛很小很小/有时遇到心事/就连两行泪/也装不下’。”他由衷赞赏儿童的创造力和想象力 ,并说,我们大人天天墨守成规,打破不了一些固定的框框。我分享这个是为了,希望我们生物多样性信息学能像十九大说的,不忘初心,要有梦想,把我们生物多样性信息学做得更好。

开幕式之后,上午的第一个专题报告会――遗传资源信息化正式拉开了序幕。

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开幕式

来自中国科学院北京基因研究所的章张研究员进行关于“生物多样性组学数据平台和数据库建设”方向的主题报告。他介绍了生命科学的发展历程,以及在目前大数据时代下,生物多样性组学大数据面临的挑战和应对等。

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其后中科院微生物研究所马俊才主任开展关于遗传生物资源信息化及其国际化的主题报告。报告介绍了生物遗传资源综合数据平台和服务系统建设,并提到了我国濒危植物的迁地保护工程。生物资源是生态系统的基本组成部分,其中包括植物、动物、微生物和人类遗传资源等,它不仅是人类赖以生存的物质保障,更是生物技术和产业发展的重要基础。社会的发展、环境的变化导致生物多样性日趋穷竭,生物资源尤其是不可再生的生物资源的战略价值日益凸显,其保护、开发和利用亦然成为全球资源竞争的重点。我国是世界上生物遗传资源最丰富的国家之一,中国科学院在战略生物资源方面具有整体的优势,在标本馆、植物园、遗传生物资源、模式与实验动物、生物多样性监测网络等多个领域处于全国领先的地位。生物领域多层次大数据的汇聚、深度分析以及通过学科交叉与生态、地理、遥感、环境等数据的融合所实现的知识发现,将推动生命科学研究向“数据密集型科学”的新范式转变,正在深刻改变人类对生命本质的认知方式和生物资源的利用能力,建立国家生物遗传资源综合信息平台具有时代的紧迫性和必要性。

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接着中国科学院植物研究所周世良研究员在本次研讨会上进行了“植物DNA条形码全面应用还有多远”的主题报告,本次报告主要从DNA条形码:植物鉴定学的必由之路、中国植物DNA条形码现状、建设一个高度覆盖的参考序列库、后DNA条形码时代四个方面向与会各位代表展示了植物DNA条形码的重要作用以及建设前景。同时也让我们了解了一个新的世界,使我们可以更好的了解植物,了解自然。

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短暂的茶歇过后,上午的第二个主题报告会:生物物种编目在中国科学院动物研究所纪力强组长的主持下展开。同时纪力强先生也以自己的主题报告:生物多样性与生态安全格局信息平台(BioONE)简介拉开了上午第二个主题报告的帷幕。

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在我们的生活中,地衣植物仿佛是随处可见的,从大大小小的苔藓到盆栽植物中的新宠,可以说地衣植物与我们的生活密切相关。可是,我们真的了解它们吗,本次报告会上中国科学院魏江春院士就通过他的名为“地衣生物多样性、系统性及其资源生物学新领域”的专题报告向大家介绍了这些在我们的生活中随处可见的“小家伙儿”,随着魏老先生的报告,我们对地衣植物也有着更加深入的了解。

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不知道你们是否关注过我们平时生活中的菌类呢?中国是菌物多样性非常丰富的国家,有关其物种信息的大量研究报道散见于各种不同的刊物和专著中。在本届全国生物多样性信息学研讨会上,中科院微生物所姚一建研究员做了《中国菌物名录编研与大型真菌红色名录评估》的主旨报告。红色名录的编制是物种保育以及生物多样性保护的基础。在中国菌物名录数据库基础上,2016年启动了“中国菌物红色名录评估”项目。经数据收集整理,根据中国分布物种的基本信息,对9534种大型真菌进行了红色名录评估。在介绍了中国菌种名录的编研之后,姚教授介绍了大型真菌红色名录评估的情况。以及目前我国在菌类植物方面的研究现状: 目前我国对大型真菌濒危状态开展了相关的研究,但是还没有正式发表大型真菌红色名录。此外,他还介绍了菌类植物珍稀程度的评估等级、评估过程(如数据的收集和整理、评估对象确定、专家评审、专家通讯评审等等)。据姚一建老师介绍目前中国大型真菌红色名录评估已经基本完成。

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(上图说明:2016年3月4日,绿会代表在IUCN红色名录培训上有幸与姚一建研究员分在同一组。当时他就针对红色名录为何没有收录真菌提了一个问题,并且问IUCN红色名录全球总监Craig Hilton-Taylor未来红色名录有没有收录真菌的计划?Craig当时的回答我记得是否认的,然后姚老师说我们自己要做。今天的这个讲座中,他介绍了大型真菌红色名录评估的情况。在中国菌物名录数据库基础上,2016年启动了中国菌物红色名录的评估工作。这是我国首次采用IUCN标准对大型真菌的受威胁状况进行全面评估。绿会代表很高兴看到姚老师的这个进展。)

在如今这个大数据时代,越来越多的古生物化石被发掘出来,在本次报告会上中国科学院南京地质古生物研究所樊隽轩研究员进行了明为“大数据时代的中国古生物学-从化石宝库到世界科技前沿”的专题报告,详细的分析了中国古生物学未来的发展前景。

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本次会议下午共分为两个会场,因为我们与会工作人员人数有限,所以我们只针对E202会议室的会议情况给大家发送实时微博。在下午的第一个专题报告会:物种鉴定与识别上,中国林业科学研究院森林生态环境与保护研究所的首席专家张真研究员向大家展示了她的名为“昆虫自动识别技术”的专题报告。在之后,来自中国科学院动物研究所的王江宁先生通过他的“基于计算机视觉的昆虫标本图像鉴定”专题报告为大家详细的讲说了新型的基于计算机应用基础上的昆虫识别鉴定技术。

守望地球的谌良仲先生在本次报告会上进行了自己“公众科研的践行者-守望地球野外科研志愿者在行动”的专题报告,向与会嘉宾等展示了环保公益志愿者们所做出的巨大贡献。

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在今天下午的专题报告会上,来自中国科学院的李敏研究员先后进行了“植物园伴侣(花伴侣植物园专业版)——人工智能时代植物园的公众科学利器”与“‘中国植物+’(plantplus.cn)——中国植物物种信息整合共享平台”两个专题报告。在第一个报告中李敏指出,2013年中科院植物所与百度合作,基于中国植物图像库与百度的人工智能,已经实现了1300种花卉的识别。到2016年与鲁朗软件合作开发了花伴侣 APP(大众版),实现了5000种常见植物的识别鉴定。图像识别成为公众认知植物物种、普及植物科学知识的重要渠道,在业界具有广泛深入的影响。2017年中国科学院植物研究所与北京网讯科技有限公司再次携手,基于“物种精细识别”技术合作开发的“中国植物+”植物图像识别模块,可实现对1万5千种以上植物物种的图像识别,这将覆盖我国常见栽培植物及绝大部分的野生植物,对于普及植物知识有极大的意义,将对公众认知植物物种的方式产生巨大的影响。第二个报告李敏详细介绍了“中国植物+”的详细信息。“中国植物+”PlantPlus.cn 是一个包含中国所有3万多种野生及外来归化植物物种的综合信息平台,集植物分类名称、形态描述、地理分布、功能用途、保护级别及图像库等内容于一体的植物物种信息库,是中国科学院植物研究所整合现有的中国植物物种名录、中国植物志、Flora of China、中国在线植物志、中国植物图像库、国家植物标本馆、中国数字中国珍稀濒危植物信息系统等20个数据平台网站而成的植物物种信息综合服务平台,可向用户提供植物物种信息的一站式服务。为农业、林业、园林、环保、海关、科普工作者等植物学相关专业领域提供专业的植物物种信息服务。为公众服务,“中国植物+”信息平台对于传播和普及植物科学知识,提高全民科学素养都将会起到重要作用。

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第一天的讲座纷呈,座无虚席,未及场场记录为歉。

注:本文主要为笔者的现场笔记,未经主讲者本人核实。

(未完,明天待续)

整理/中国绿发会“走出去”办公室·绿援团长郑晗(西北民族大学)

核/Linda  编/Angel