编者按：基因多样性是生物多样性的重要部分。当我们啃得大鸡腿、品着宫保鸡丁、盐酥鸡块、可乐鸡翅……我们应该感谢进化的馈赠。近日，中国绿发会国际部的老朋友——韩建林教授与绿会同仁们分享了他们于6月25日在《Cell Research》在线发表的题为“863 genomes reveal the origin and domestication of chicken”的研究论文。韩建林教授是国际家畜研究所（CGIAR-ILRI）动物遗传资源份子评价首席科学家、中国农业科学院（CAAS）-国际家畜研究所（ILRI）禽畜及牧草遗传资源联合实验室首席科学家、中国农业科学院一级岗位杰出人才，国际牦牛研究信息中心秘书长，多年从事地方畜禽遗传资源的分子评价、特异性状及抗病育种的遗传学及基因组学研究。现将这篇重磅级研究成果于绿会平台分享发布如下。

按/Linda 核/HJL 编/Angel

家鸡是从原鸡驯化而来的，现在已经成为全球数量最多、分布最广的家养动物，正在为人类生产着最廉价而美味的优质动物性蛋白；同时，科学家们也将家鸡开发成极具特色的生物学和医学研究模型。

纵观其驯养和驯化过程，鸡在中国文化中早就占有十分重要的地位。古代神话中就有鸡是由一种能辟邪的重明鸟变形而来的传说，人们进而将其作成画或剪成窗花贴在门窗上，这应该是后世剪纸艺术的源头。晋朝《玄中记》中讲述了“天鸡”的故事，而民间延续至今在春节时会在门窗上所画、所剪的鸡其实就象征着“天鸡”。中国古代特别重视鸡，《韩诗外传》中写道：“它头上有冠，是文德；足后有距能斗，是武德；敌在前敢拼，是勇德；有食物招呼同类，是仁德；守夜不失时，天时报晓，是信德。” 故称它为“五德之禽”，《孟子．尽心上》中的：“鸡鸣而起，孳孳为善者，舜之徒也。”和唐．韩愈《上宰相书》中的：“鸡鸣而起，孜孜焉亦不为利。”均形容人的勤勉不懈。新年的首日早就被定为鸡（吉）日，《占书》中说：“岁正月一日占鸡，二日占狗，三日占猪，四日占羊，五日占牛，六日占马，七日占人。”为什么鸡能排第一，这在《农家杂事》中有两种说法：一种说法是按人类驯养六畜的次序，鸡的最先驯养成家禽的；另一种说法是按牲畜的大小排，体型最小的鸡排在了前面。在中国传统的十二生肖中鸡排名第十位，对应的地支是酉。世界上许多国家都发行过以鸡题的邮票，而我国每逢鸡年都会发行生肖邮票，成为广大集邮爱好者追捧的对象，这枚在1981年发行的第1轮鸡年生肖四方联邮票已经升值了约1万倍。

近代艺术也创造了很多鸡的卡通形象，例如迪士尼动画片中的四眼天鸡等。斗鸡流行于东南亚地区，除了是一项赌博活动外，也是某些地区的民俗活动。福建金门地区的风鸡原用来祭拜以祈求少风，而完整的鸡则是拜祭祖先的食物之一。在语言中，有许多与鸡有关的成语和谚语，例如人们熟知的“闻鸡起舞”、“杀鸡取卵”等成语和 “一人得道鸡犬升天”、“偷鸡不成反蚀把米”等谚语。而在哲学中非常著名的悖论也和鸡有关：先有鸡还是先有蛋。

随着全球人口数量和人们对鸡肉和鸡蛋消费的迅速增长，全球家鸡的数量从2000年的约144亿只快速增加到了目前的240亿只。有人认为：如果没有鸡肉的供应，我们将会面临“一个饥饿的世界”。常见的鸡肉中式菜肴有白切鸡、盐焗鸡、海南鸡饭等，当然，烤鸡、炸鸡等更是最常见快餐项目。

尽管家鸡对全人类的生产和生活产生了世界性的影响，但其驯化的地点和时间仍存在巨大争议。2020年6月25日，由中国科学院昆明动物研究所和中国农业科学院北京畜牧兽医研究所牵头，联合国内外30余家高校和科研单位共同完成，张亚平院士、吴东东研究员及韩建林教授共同通讯，在Cell Research 在线发表了题为“863 genomes reveal the origin and domestication of chicken”的原创性研究论文。本研究首次系统地对包括分布于南亚、东南亚和东亚的地方鸡品种和所有四个原鸡种以及红原鸡五个亚种在内的863份样品的全基因组进行了测定，这一成果为深入认识家鸡的演化过程提供全新的视野，并有助于理解这一地区人类与其它驯化物种（例如水稻、狗、水牛和家猪等）互动的历史。

该研究首先通过对来自原产地的160份野生原鸡样本全基因组DNA序列的测定和系统分析，发现原鸡属内的红原鸡、灰原鸡、绿原鸡和蓝原鸡（锡兰原鸡）四个种以及红原鸡种内的五个亚种均形成相互独立的进化支系，这为深入探讨家鸡与原鸡的遗传关系打下了坚实的基础。也只有获得这样新颖的原始数据，他们才能有机会深入地探索家鸡驯化的科学问题。毫无疑问，该项成果为鸡基因组学的研究开辟了全新的篇章。

这些基于全基因组数据的最新结果初步澄清了人们长期以来对原鸡、特别是红原鸡亚种分类地位的疑虑。目前，所有的四种原鸡和红原鸡的五个亚种都被世界自然保护联盟（IUCN）列为Least Concern的保护等级。但考虑到个别红原鸡亚种，例如爪哇红原鸡（G. g. bankiva）在全基因组水平上的显著遗传分化及其非常有限的分布生境，深入系统地野外考察和保护策略已势在必行。

进一步地分析比较表明家鸡最初起源于红原鸡的滇南亚种（Gallus gallus spadiceus），其主要分布在中国西南部、泰国北部和缅甸。驯化之后，随着人类的迁徙和贸易活动，驯化后的家鸡首先被携带到东南亚和南亚，进而与在那里分布的红原鸡的其它亚种以及原鸡的另外三个种发生了不同程度的杂交，这种基因交流推动了家鸡对新环境的快速遗传适应，并丰富了其独特的行为、形态和繁殖性状。早先有关家鸡驯化的研究往往仅基于母系遗传的线粒体DNA信息或数量有限的、来源于家鸡潜在起源地之外的商业或地方鸡品种的基因组数据；另外前人的研究也很少获得过物种背景信息明确可靠的原鸡样品，这些因素都限制了人们对家鸡驯化过程的全面认识。

在此基础上，该研究团队致力于深化合作，扩大项目涉及的地理范围，对约1500份的非洲乡村土鸡遗传资源、欧洲珍奇观赏品种（Fancy breeds）和全球斗鸡品种（Game breeds）的样品进行深度全基因测序（http://chicken.ynau.edu.cn/index/home/index），并期望继续深化对各种原鸡的采样，同时加入鸡古DNA的数据，为追溯家鸡征服全球的扩散过程、挖掘家鸡重要遗传资源在响应环境变化和人类选择时的基因组潜力奠定基础。可以预期，这些原鸡及家鸡基因组资源的大数据和相应的科学结论，将为我国十分丰富的地方鸡遗传资源的可持续性保护和开发利用提供可靠的理论依据和扎实的技术支撑。

中国科学院昆明动物研究所王明山和彭旻晟博士、印度国家动物学普查机构M. Thakur博士、西北农林科技大学姜雨教授和在读博士生李鸣及英国牛津大学L. A. F. Frantz博士为该论文共同第一作者。特别值得一提的是，在该论文发表之际，Science杂志在Animal Domestication专栏发表了题为“Dawn of the chicken revealed in Southeast Asia: Chicken domestication—debated since Darwin—tracked by genomic survey（东南亚鸡的黎明破晓：基因组大数据诠释始于达尔文的家鸡驯化纷争）”的点评文章，通过采访伦敦大学学院的Dorian Fuller博士、威斯康辛大学（麦迪逊）的Jonathan Kenoyer博士（美国艺术与科学学院院士）以及史密森学会的Melinda Zeder博士（美国艺术与科学学院院士和美国科学院院士）等国际考古学著名学者，第一时间对该项研究成果进行系统地盘点。这也是继Science于2012年介绍中国农业科学院-国际家畜研究所“畜禽牧草遗传资源联合实验室”韩建林教授有关鸡的研究工作之后，再次深度点评他及合作团队在家鸡起源和驯化方面的重要发现。

（供图：韩建林）

原文链接：

https://www.nature.com/articles/s41422-020-0349-y.pdf

https://science.sciencemag.org/content/368/6498/1411.full

https://science.sciencemag.org/content/338/6110/1020.full